На базе муниципального общеобразовательного учреждения средней общеобразовательной школы №3 работают лицейские классы при МОСКОВСКОМ ГОСУДАРСТВЕННОМ ГОРНОМ УНИВЕРСИТЕТЕ, а также АКАДЕМИИ НАРОДНОГО ХОЗЯЙСТВА при Правительстве Российской Федерации. С этими вузами школа заключила договора сотрудничества.

Учеба в лицейском классе предоставляет ученикам школы возможность получать знания повышенного уровня по математике и физике. Эти предметы преподают профессор МГГУ Ушаков Владимир Кимович, кандидат физико-математических наук Уткин Анатолий Степанович. Поступить в этот класс может любой ученик 9-го класса, успешно написавший диагностическую работу по математике, которая проводится  в конце марта (о дате контрольной работы будет сообщение позже). По окончании учебы в лицейском классе (10-11 кл.) учащиеся на льготных условиях поступают в МГГУ и АКАДЕМИЮ НАРОДНОГО ХОЗЯЙСТВА. Поступили в МГГУ на различные факультеты в 2005 году 5 человек, в 2006 году - 5 человек, в 2007 году - 5 человек.

МОУ СОШ №3 также успешно сотрудничает с МОСКОВСКОЙ ФИНАНСОВО-ПРОМЫШЛЕННОЙ АКАДЕМИЕЙ, АКАДЕМИЕЙ ФЕДЕРАЛЬНОЙ СЛУЖБЫ ОХРАНЫ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ, с МОСКОВСКИМ ОБЛАСТНЫМ ГОСУДАРСТВЕННЫМ КОЛЛЕДЖЕМ ТЕХНОЛОГИЙ, ЭКОНОМИКИ И ПРЕДПРИНИМАТЕЛЬСТВА.